Суттєвою проблемою діяльності Нижньо-дністровського національного природного парку є проведення функціонального зонування території, тобто, розділення території Парку на певні ділянки (зони), що будуть мати різні режими експлуатації: збереження цінних природних комплексів; створення умов для організованого туризму, відпочинку; проведення наукових досліджень, екологічної освітньо-виховної роботи тощо.

Загальна площа Парку становить 21311,1 га, з них в Овідіопольському районі 6695,50 га — землі Овідіопольської районної державної адміністрації; 276,80 — концерну «Чорне море»; 29,90 га — Надлиманської сільської ради; 21,40 га — Миколаївської сільської ради. Ці землі включаються до складу Парку без вилучення у землекористувачів.

На території Парку відповідно до природоохоронного законодавства виділяються такі зони: заповідна зона; зона регульованої рекреації; зона стаціонарної рекреації; господарська зона.

Заповідна зона Парку складає 3700 га та призначена для охорони і відновлення найбільш цінних природних комплексів.

На території заповідної зони ЗАБОРОНЯЄТЬСЯ будь-яка господарська та інша діяльність, що суперечить цільовому призначенню цієї зони або порушує природний розвиток процесів та явищ і створює загрозу шкідливого впливу на її природні комплекси та об'єкти. А саме: будівництво споруд, шляхів, лінійних та інших об'єктів транспорту і зв'язку, не пов'язаних з діяльністю Парку; розведення вогнищ; влаштування місць відпочинку населення; стоянка автотранспорту, а також проїзд і прохід сторонніх осіб, прогін свійських тварин, пересування механічних транспортних засобів, за винятком шляхів загального користування; проліт літаків та гелікоптерів нижче 2000 метрів над землею; пошкодження ґрунтового покриву; усі види лісокористування, а також заготівля кормових трав, лікарських та інших рослин, квітів, насіння, очерету, випасання худоби, вилов і знищення диких тварин, порушення умов їх оселення, гніздування, інші види користування рослинним і тваринним світом, що призводять до порушення природних комплексів: мисливство, рибальство та інш.

В межах зони регульованої рекреації проводяться короткостроковий відпочинок та оздоровлення населення, огляд особливо мальовничих і пам'ятних місць; у цій зоні дозволяється влаштування та відповідне обладнання туристичних маршрутів і екологічних стежок.

На території цієї зони ЗАБОРОНЯЮТЬСЯ: рубки лісу головного користування, будівництво промислових, господарських і житлових об'єктів, не пов'язаних з діяльністю Парку, розробка корисних копалин, кар'єрів, забір ґрунту, промислова заготівля лікарських рослин, проїзд та стоянка автомобільного, гужового транспорту, організація масових спортивних та туристичних заходів, розміщення шатрових таборів, човнових станцій, розведення вогнищ поза відведеними для цього місцями, застосування хімічних засобів боротьби з шкідниками та хворобами рослин і лісу, використання катерів та двигу-нових човнів за винятком працівників служби держохорони, спеціальних інспекційних та рятувальних служб, інші види діяльності, що порушують природні комплекси парку, або знижують природну екологічну чи рекреаційну цінність його території.

В зоні регульованої рекреації ДОЗВОЛЯЄТЬСЯ в установленому порядку: регульований збір грибів, ягід, плодів дикорослих рослин з дотриманням вимог природоохоронного законодавства; обладнання туристичних та еколого-пізнавальних стежок, короткотривалі туристичні екскурсії та відпочинок населення; здійснення аматорського, спортивного рибальства.

Зона стаціонарної рекреації призначена для розміщення готелів, мотелів, кемпінгів, інших стаціонарних об'єктів обслуговування відвідувачів Парку.

На території цієї зони ЗАБОРОНЯЄТЬСЯ господарська та інша діяльність, яка суперечить цільовому призначенню цієї зони та порушує вимоги чинного законодавства.

В межах господарської зони проводиться господарська діяльність, спрямована на виконання покладених на Парк завдань, знаходяться населені пункти, об'єкти комунального призначення Парку, а також землі інших землевласників та землекористувачів, що включені до складу Парку, на яких господарська діяльність здійснюється з додержанням загальних вимог щодо охорони навколишнього природного середовища. На території зони регульованої рекреації, стаціонарної рекреації та господарської зони забороняється будь-яка діяльність, яка призводить або може призвести до погіршення стану навколишнього природного середовища та зниження рекреаційної цінності території Парку.

У відсотковому відношенні заповідна зона Нижньодністровського НПП становить 38 %, зона регульованої рекреації — 40%, господарська зона — 21%, зона стаціонарної рекреації- 1%.